Alors que Hughes ne veut toujours pas mettre Mustang au courant des avancées des frères Elrich, il autorise tout de même le Lieutenant Maria Ross, le Sergent Danny Bloch et le Major Armstrong à inspecter le 5ème laboratoire. Sur les lieux, Scar parvient à s’échapper, mais se retrouve bloqué avec Lust, qui lui confirme être un homoncule, humain créé artificiellement. Pendant ce temps, Tucker arrive à convaincre Ed de créer la pierre philosophale, même si la pierre incomplète a déjà été faite à partir d’humains. A Central, le Commandant ayant surpris le groupe de militaires prêts à partir, les autorise à inspecter le 5ème laboratoire avec un bataillon, car la vie des 2 frères est en danger, il viendra même personnellement. Tucker montre à Ed un réservoir censé être de pierre incomplète, mais on découvre à son insu qu’il s’agit d’une réserve humaine, de prisonniers. A l’intérieur, l’un d’eux, Kimblee, se sert de ses talents d’alchimiste pour faire une explosion à l’aide d’un autre captif. Ed découvre donc la supercherie, quand arrive le Général de brigade Gran, annonçant que c’est lui qui les a amenés ici. Mais Ed ne se fait plus avoir, le général étant naguère mort sous ses yeux, il se rue sur lui. Celui-ci était en réalité Envy, qui peut prendre n’importe quelle apparence. Ils s’affrontent, mais elle se montre bien plus forte que lui. Lust et Glutonny les rejoignent, et ils l’obligent à poursuivre la transmutation, afin qu’il puisse créer la pierre qui les rendra humains. En effet, les homoncules ne peuvent pas utiliser l’alchimie, et pour obliger Ed à le faire, Lust menace de tuer son frère, comme elle vient de le faire en détruisant le sceau de sang du casque du Trancheur. Tucker avoue alors qu’il l’a trahi afin que les homoncules lui donne leur secret pour qu’il fasse revivre Nina, en lui implantant ses propres souvenirs. Ce qui fait de plus en plus douter Al à son propre sujet. Ed découvre ainsi que sa venue ici avait été prévue et contrôlée depuis le début par les homoncules. Malgré les récriminations de son frère, il s’apprête à transmuter l’eau rouge et les prisonniers… Heureusement Scar arrive à temps, il fait exploser les réservoirs, et enjoint à Ed de prendre son frère et de s’en aller, pour le protéger. Mais le jeune alchimiste marche dans la pierre incomplète, et son pouvoir devient décuplé, face aux homoncules. C’est à ce moment qu’arrivent les militaires, mais personne n’ose s’approcher d’Ed, dont la réaction à la transmutation ne cesse d’augmenter. Le lieutenant Ross se décide à y aller, et prends Ed dans ses bras pour le calmer. Le laboratoire explose, mais les homoncules arrivent à ressortir, habillés en militaires, et Armstrong en portant les 2 frères évanouis.